องค์ประกอบที่แตกต่างกันของเอนโดท็อกซินสามารถนำไปสู่ฟีโนไทป์ของแบคทีเรียได้สามรูปแบบ ได้แก่ ชนิดเรียบ ชนิดหยาบ และชนิดปานกลาง (เรียกอีกอย่างว่าเมือก) เมื่อส่วนประกอบของโพลีแซคคาไรด์หลักลดลงหรือเสียหาย ลักษณะของโคโลนีเพาะเลี้ยงแบคทีเรียจะมีลักษณะหยาบ ดังนั้นจึงเรียกว่าการกลายพันธุ์แบบหยาบ (Rough-LPS, R) ซึ่งอาจเรียกว่า Rb-LPS, Rc-LPS, Rd-LPS, Re -LPS ตามระดับของ core polysaccharide defect ดังแสดงในรูป .

กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนของ Escherichia coli LPS ที่มีโคโลนีเรียบมีโครงสร้างคล้ายสายไฟเรียว ในขณะที่ Escherichia coli LPS ชนิดหยาบนั้นส่วนใหญ่จะมีโครงสร้างเป็นวงกลม เนื่องจากความยาวที่แตกต่างกันของสายโซ่น้ำตาล จะทำให้เกิดผลขัดขวาง steric ที่แตกต่างกัน ซึ่งจะส่งผลต่อการรับรู้และการทำลายเซลล์ของ LPS และ CNB โดยเซลล์ภูมิคุ้มกันของร่างกาย ดังนั้นโฮสต์จะมีผลต่อภูมิคุ้มกันที่แตกต่างกันและส่งผลต่อ กำจัดแบคทีเรียในร่างกาย

ห่วงโซ่น้ำตาลชนิดหยาบนั้นสั้นและง่ายต่อการถูกกลืนโดยเซลล์ฟาโกไซต์ เช่น ฟาโกไซต์จากการทำงาน: นิวโทรฟิลและมาโครฟาจ ซึ่งง่ายต่อการกำจัดแบคทีเรียชนิดหยาบ ห่วงโซ่น้ำตาลที่ราบเรียบนั้นยาว มีสิ่งกีดขวาง steric ไม่ง่ายที่จะถูกกลืนโดย phagocytes และรวมกับส่วนประกอบ และง่ายต่อการหลบหนีจากการตอบสนองของภูมิคุ้มกันของร่างกายต่อมัน