ระบบที่อาศัยโฮสต์สามารถแบ่งออกเป็นระบบเซลล์และระบบที่อาศัยร่างกาย ตัวแรกหมายถึงนิวโทรฟิล, เกล็ดเลือด, โมโนไซต์, มาโครฟาจ, ลิมโฟไซต์, เบโซฟิล, มาสต์เซลล์, เดนไดรติกเซลล์และเซลล์บุผนังหลอดเลือด; ระบบของเหลวในร่างกายเป็นระบบเสริมและแข็งตัว เอนโดท็อกซินออกฤทธิ์ต่อระบบที่อาศัยสเต็มเซลล์ ในอีกด้านหนึ่งมันทำหน้าที่ป้องกันในทางกลับกันมันยังทำให้เกิดกระบวนการทางพยาธิวิทยาบางอย่าง

1. ผลกระทบต่อระบบเสริม

โมเลกุลเอนโดทอกซินบนแบคทีเรีย โมเลกุลเอนโดทอกซินอิสระ และสารอะนาลอกของไขมัน A สามารถกระตุ้นคอมพลีเมนต์ กระตุ้นคอมพลีเมนต์ด้วยวิธีดั้งเดิมและทางเลือก เล่นผลการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันตามธรรมชาติ และกลืนเชื้อโรคและผลิตภัณฑ์ของพวกมัน ในกระบวนการของการตอบสนองของภูมิคุ้มกัน มันสามารถกระตุ้นการตอบสนองของภูมิคุ้มกันที่ได้รับ ทำให้ไซโตไคน์หลากหลายชนิดแสดงออก และนำประโยชน์และผลเสียมาสู่โฮสต์

2. มีผลต่อระบบการแข็งตัวของเลือด

เอนโดท็อกซินสามารถส่งผลต่อระบบการแข็งตัวของเลือดในร่างกาย ทำให้เกิดการแข็งตัวของหลอดเลือดกระจาย ได้รับการพิสูจน์โดยแบบจำลองสัตว์ ร่างกายมนุษย์ และการทดลองในหลอดทดลองว่าเอนโดท็อกซินสามารถกระตุ้นปัจจัย Hageman (ปัจจัยการแข็งตัวของเลือด III, ปัจจัยสัมผัส) และกระตุ้นเส้นทางการแข็งตัวภายในร่างกาย ในทางกลับกัน เอนโดทอกซินยังสามารถกระตุ้นเส้นทางการแข็งตัวจากภายนอก กิจกรรมการแข็งตัวของเลือดของเอนโดท็อกซินส่วนใหญ่แสดงออกในไขมัน A หลังจากกิจกรรมของเอนโดทอกซินถูกยับยั้งโดยโพลีมิกซิน บี ผลของการกระตุ้นการแข็งตัวของเลือดก็จะหายไป